Protein-Ligand Docking und Virtual Screening für Einsteiger

Die Veranstaltung vermittelt in Theorie und Praxis die Modellierung von Proteinstrukturen und die Untersuchung von Protein-Ligand-Interaktionen. Mittels Chimera soll eine bekannte Proteinstruktur visualisiert und potentielle Bindetaschen für einen Liganden identifiziert werden. Dabei wird der Schwerpunkt auf die Behandlung von globulären Proteinstrukturen als makroskopischer Interaktionspartner gelegt. Anschließend werden Protein-Ligand-Dockings durchgeführt und diese mit verschiedenen Scoring-Funktionen bewertet um die wahrscheinlichste Konformation und Orientierung des Liganden in der Bindetasche zu finden. Ein weiterer Schwerpunkt des Kurses liegt in der automatisierten Behandlung einer großen Zahl möglicher Liganden in Form eines virtuellen high-throughput Screenings einer zu erstellenden Substanzbibliothek. Hierzu werden Möglichkeiten vorgestellt, wie man auf einfache Art und Weise eine Vielzahl von Berechnungen automatisiert vorbereiten, durchführen und analysieren lassen kann.